九州大学是日本原7个帝国大学之一，目前已成为日本著名的国立大学，在日本以及世界上均占有一定的地位。
东京大学和京都大学建立后，日本国内就有再在九州建立一所帝国大学的提议。1903年4月京都帝国大学的分部棗京都帝国大学福冈医科大学成立，这就是九州大学的前身。当时由于国家百废待兴，从财政、购地、校舍建筑各方面均力不从心，所以在8年之后也就是1911年方正式挂出九州州帝大医科大学，同时还设有九州帝大工科大学，这是今天九州大学能成为综合性大学的基础。1919年修改“大学令”，分科大学改成学部，除了原有的两分科大学改成的医学部和工学部外，又增设了农学部，以后6年间又增设了法文学部、理学部。第二次世界大战后日本教育体制进行了彻底的改革，九州帝国大学改为九州大学。不久法文学部一分为三：法学部、文学部、经济学部，又增设教育学部。福冈高中及久留米工业专科学校并入九州大学。其后，又陆续增设了教养学部、药学部、牙科学部等机构。1953年九州大学研究生院成立，在20多年时间内，研究生院发展了11个研究科、研究所和大型研究中心。这样，九州大学就成为日本西部九州、广岛地区一所学科齐全的综合性国立大学。
九州大学共有10个学部
文学部 从原来的法文学部独立而来，设有哲学、文学、史学三系26个讲座。哲学系研究的范围包括从古希腊到现代哲学的各家流派和哲学史，研究的内容有印度史、中国史、伦理学、美学、社会学、宗教、地区福利社会学等；史学系设有日本史、东洋史、朝鲜史、西洋史、考古、地理等讲座；文学系的研究领域有日本语、东洋史、朝鲜史、西洋史、考古、地理等讲座；文学系的研究领域有日本语，日本、中国、英国、德国、法国等国文学。文学部自创立以来已有毕业生5,000余人。
文学部附设九州文化史研究设施，它是1926年根据法文学部教授会的提议创建的。因为九州历来是日本同亚洲大陆通商、吸收外来文化的发源地，在日本文化的形成上占有特殊的地位，是东西方文化的交汇点。当时九州文化史研究所隶属法文学部，后该学部分家，该所为三部共管。1965年作为新兴研究机构附属于文学部，并增设了比较考古学两个研究领域。该所有30多万件古籍资料，有近古的原始史料，影印件、照片、缩微品等，还有近代地区史料，如农村、渔村、小市镇历史，交通、贸易史料，明治以来的近代史，地方史图书、特刊等。该所是研究日本历史的图书资料中心，成为文学部的一大特色。
教育学部 从文学部分离出来，设有教育学、教育心理学两系。前者研究理论问题，如教育史，教育社会学，教育行政，教育方法等，并从应用科学角度研究现代教育问题。教育心理学系的研究方向是：学生心理发展，幼儿语言训练，脑发育不全儿童的生理、心理及治疗的研究。该学部的特色是：同其它大学以培训学校教职员为主的教育学部不同，它要求在教育有关学科方面进行更深入一步的研究。因而该学部的毕业生大多数进入研究生院进行深造。附设比较教育文化，发育不全儿童临床中心，心理教育来访接待中心等研究部门。
法学部 来自法文学部，最早仅有刑法、刑事诉论法两部门，以后逐渐增设了政治学史、经济法、国际政治学、英美法、比较宪法、裁判法、刑事政策、法社会学等27个讲座。
经济学部 亦来自法文学部，现设有经济学系（经济理论、经济史、经济分析），经营学系（企业管理、企业计算），经济工程学系（经济教学、计量经济、产业规划、管理工程）。它的特色是：具有悠久的传统，教学和研究并重，善于从广、深的视野来研究带根本性的问题，但又不忽视对一些现实经济问题的关心，有着健全的实习制度，以教员为中心，学生为主体的研究小组围绕教员的专业领域对多种问题进行深入研究，教学相长，教员与学生关系融洽。
理学部 于1939年建立，是九州大学偏重于理论研究和进行本科生教学的学部。设有物理、化学、地球行星科学、数学、生物5系51个讲座。该学部设有下列附属研究部门。
天草临海实验所为生物学部、农学部水产系学生进行实习提供基地，并为其它大学海洋生物学者、研究生院理学研究科学生开设了海洋生物学课程，该部门包括有建在海滨的教学研究馆、宿舍、大小调查艇和备用船只、音响测试机械、起重机等。
岛原地震火山观测所设在地震火山发生较多的九州东北部的岛原，为研究地球科学的最理想场所。建有研究馆，观测楼，并有观测12级地震的卫星观测点随时追踪地震发生动态。观测楼内设有365米深井，通过地下水位、地底气体的自动连续观测，对火山、火山气体、温泉等的微妙变化进行火山喷发预测研究。
中央元素分析所借鉴国外有机微量定量分法，经过推广改良，不断提高精确度和方法，终在1956年经故妻木德一教授的努力得以设立。该所对全校师生以及其它大学和民间公司等单位开放，备有数台千万分之一克的精密电子天平，热传导CHN分析计等。开所以来已分析了碳、氢、氮等数十万件样品，并不断增加新的分析领域，如物理化学、元素分析等分析元素的化学结构。并确立了试验样品量1-2毫克、误差0.1%及样品量0.3?/FONT>0.5毫克仍有十分精确度分析值的超微量元素分析法，此方法历经了10年的考验。
超低温实验室原是战后从东北大学输入有关装置后建立起来的小规模实验室，如今实验室的规模已明显扩大，例如，用大型超导磁场每周可以消耗300立升的液态氧。该室进行有关超导的基础理论和应用技术研究，如高磁场内的超导体、金属、半导体、有机化合物、有机强磁性体等物理特性研究。
医学部 发源地是以医学博士大森治丰为院长的福冈县立医院，后几经变迁，成为九州大学的重要学部，从中先后分化出药学部、牙科学部，并成立了胸部疾病研究等部门，医疗技术短期大学部，放射线诊疗技工学校，卫生检查技工学校，护理学校，以及生物体医学防治研究所、遗传情报实验室等研究机构。医学部作为日本西部地区近代医学发源地在历史上有过光辉研究业绩，比如成立之初威士病（黄疸出血病）病原体的发现，以及作为日本血吸虫的中间寄主宫入贝的发现，桥本病的发现等都是医学界的大事，在近代医学的开拓过程中该学部起着十分重要的作用。培养了许多新人，出现了众多的科技成果，并为实现医学的专门化设立了许多必要机构。另外九州作为日本的特殊地区，大学在劳动灾害、自然公害、热带医学、风土病等研究中起着独特的作用。
医学部大体上分基础医学和临床医学两大门类共35个讲座，另有4个附属研究部门和附属医院，各部门均同时开展教学和研究工作，4个研究部门各有自己的特色。
胸腔疾病研究室原名为肺结核研究室，为九州地区呼吸系统疾病中心，担当着研究、医疗、教学的重任。本室设有肺生理、临床病理、免疫化学防治、病原细菌特性等多方面，进行矽肺、肺吸虫、肺癌、肺气肿的早期诊断，化学疗法，制癌剂的防肺效果及禁烟效果的研究。
心血管研究室分内科、外科、临床细胞学三个领域。其中内科主要从冠状动脉的痉挛，心脏供血防护，心脏循环调节等方面进行心肌梗塞突发死亡的预防和救护；外科主要研究心血管的防护、心脏移植后的保存等；临床细胞学主要研究血管平滑肌细胞的紧张抑制机理，心血管细胞代谢的相关因素等。
脑神经疾病研究室先后经过天儿和民、胜才司马、黑岩义五郎、北村胜俊、立石润、加藤元博、福井仁士、后藤几生等人的经营，现已成为以临床神经病学研究为重点，临床和基础研究并重的九州医学部脑神经病学研究中心。临床的研究分内科、外科两部门，每年可接待数千病人；基础研究项目有病理、临床神生理、神经化学、神经免疫学，计划将增设神经分子遗传学、神经放射线学、小儿神经学等机构。
动物实验设施包括动物的饲养及动物的各种医学实验。现饲养着10余种供作医学试验的动物，每天可供实验的动物1100头，来此进行工作的有50余名实验人员。
牙科学部是从原医学部独立出来的，现设有牙科基础科学系，研究内容有口腔的解剖、生理、病理、药理化学、细菌学、口腔理工学等，牙科临床系包含有牙科预防、治疗、补牙，口腔外科，小儿牙科，牙科放射学，牙齿矫正等10个讲座。
药学院亦从医学部独立出来，原来仅有药学系，后增设了制药化学系。附属研究设施有药用植物园，占地5300平方米，栽培1000余种药用植物，并建有温室、标本园和试验苗圃。
农学部 建校时仅有农学1学科，以后陆续啬了农艺化学、林学、水产学、农业工程、畜牧学、农业经济、林产学、粮食化学工程等学科。附设有农场（内有若干亩旱、水田耕地、果树园、桑园、牧场等），5处实习林场、水产实验所（内有标本室、实验室、图书室和2艘调查船），生物防治研究设施，生物学实验所，遗传资源研究中心（包括动物、植物、微生物等重点遗传资源）。
工学部 为九州大学规模最大的学部，设有土木、电子、机械、采矿、应用化学、造船、航空、通讯、原子核等工程学科共124个讲座，附设有研究教学中心，承担全国许多重点研究课题。其中，电子工程教研室，正在研制超高速线性发动机，据说此项装置研制成功，可使列车时速超过500公里/小时；航空工程教研室，研究超音速、亚音速飞机的有关飞行技术指标；超导磁场研究中心与原子核工程教研室，通过超导和等离子体技术的多种数据测定和工艺技术研究，核聚变炉的设计和改进，用室内核聚变来进行新能源的开发。另外还有计算机工程、环境系统工程、材料工种、动力机械工程等研究机构都在进行尖端科学和工程的研究。以西川兼康为首的蒸汽工程教研室，以在沸腾传热领域内有突出的研究成果而闻名于世，如核沸腾放热、超临界压力流体的强制对流放热等成果已被世界各国采用，他本人亦成为世界传热界的权威，在该方面做出出色成绩的还有吉田骏、藤井哲一。
与学部一样进行本科教学和研究的机构还有教养部、语言文化部、健康科学中心、研究生院的综合理工学研究科。教养部为低年级本科生进行基础课程教学；综合理工学研究科虽属研究生院，但亦从事理学部、工学部研究生的共同专业基础的教学，设防分子工程、材料开发工程、高能物质工程、能量转换工程、热能系统工程、大气海洋环境系统、情报系统等研究方向。
九州大学的研究生教育产生于1911年，当初只有3名学生，1名指导教师，经过几十年的发展壮大，现今已有文学、法学、经济学、理学、医学、药学、牙科学、工学、农学、综合理工学等11个研究科。到1990年3月为止，该校已授予博士学位13,966人，其中旧制6,592名；新制7,374名。
九州大学现有3个研究所和11个研究中心
生物体医学防治研究所（简称生医所），由最初的温泉治疗和癌研究机构合并而成。前者至今已有50余年历史，后者得到了国际上的很高评价。如今该研究所与医学部已如车的两轮成为九大医学发展的推动力量，该所以癌、免疫病、遗传性疾病等数种疑难杂症的基础研究为重点，面向临床、教学、研究并重，以这些疾病的病因诊断，治疗为最终目标。该所设有附属医院，并会同医学部共同进行研究生教育，现有研究生44名，18名进修医师，39名其它进修人员。
应用力学研究所 由以前的流体工程研究所和弹力工程研究所两部分合成，现共有15个研究室和两个附属实验设施（强磁场等离子体和海洋灾害）。围绕着“大能量力学工程”和“高能量力工程”两方面进行研究。前者研究对象有：台风灾害、海洋灾害等自然环境引起的巨大灾害防御的基础理论以及海洋流动、]波动过程、海洋开发有关工程上的各种问题。后者研究课题有：高温、高压、高速冲撞、高能粒子辐射等高密度能量下的力学过程。还有原子能核聚变能量开发的基础理论研究，包括核聚变理论工程和材料工程等。附属实验设施为海洋灾害实验所，装有海洋灾害研究用的大型造波水槽，试验台风灾害用
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